能率も効率も、できる仕事の割合を意味するが、比較する対象に違いがある。
能率は、一定時間内にできあがる仕事の割合、仕事のはかどり方のこと。
時間に対して、できる仕事量・達成度が比較される。
一定時間にできる出来高が多ければ「能率が良い」、低ければ「能率が悪い」となる。
効率は、使った労力や資金に対して得られる成果の割合のこと。多くは、機械などにいう。
エネルギーやコストに対して、できる量が比較される。
コストパフォーマンス（費用対効果）が高ければ「効率が良い」、低ければ「効率が悪い」となる。
それぞれの比較対象が異なるため、能率の良さと効率の良さが一致するとは限らず、能率が良くても効率が悪く、効率が良くても能率が悪いことがある。