江戸時代、蕎麦はつゆにつけて食べる「そばきり（蕎麦切り）」が一般的であった。
江戸中期に入ると、最初からつゆをかけて出す「ぶっかけ」が流行し、「ぶっかけ」と区別するため、それまでの蕎麦を「もりそば（盛り蕎麦）」と呼ぶようになった。
もりそばは、皿やお椀・せいろ（蒸籠）に盛られていたが、深川洲崎（現在の江東区木場の洲崎神社）の蕎麦屋「伊勢屋」が差別化を図るため、竹ざるに盛った「ざるそば」を出したところ評判となり、他の店でも竹ざるに盛った「ざるそば」が提供されるようになった。
この当時の「もりそば」と「ざるそば」の違いは、器に皿・椀・せいろなどを使うか、竹ざるを使うかといった違いだけである。
その後、明治にかけて「もりそば」よりも「ざるそば」の方が高価な蕎麦という位置づけとなり、ざるそば用には高価なそば粉を使い、もりそば用には安価な粉を使って蕎麦が作られるようになった。
蕎麦につけるつゆも、もりそば用には雑節出汁や二番だしが使われていたが、ざるそば用には鰹本節だしや、江戸時代には高級品であった味醂を使い、コクがあり、香りの高いつゆが使われるようになった。
ざるそばに刻み海苔をかけたり、薬味などがつけられるようにもなった。
この頃は、蕎麦・つゆ・刻み海苔・薬味など、「もりそば」と「ざるそば」には大きな違いがあったといえる。
現在では、刻み海苔がかかっているものを「ざるそば」と呼んでいる店が多く、蕎麦の素材やつゆによって「もりそば」と「ざるそば」を呼び分けている店は少ない。
「もりそば」と同じ蕎麦を指すものには、「せいろそば」がある。
本来の「せいろそば」は、せいろで蒸し、温かく湯気が立った状態で客に出されるもので、江戸初期には作られていた。
現在の「せいろそば」は、これとは別に起源がある。
江戸末期の天保時代、蕎麦屋が幕府に値上げを要求したが、値上げではなく、底上げして量を減らすことが認められたため、すのこで底上げをしたせいろに盛って出された。これが、「盛りせいろ」と呼ばれ、「せいろそば」となったなったもので、「もりそば」と「せいろそば」に、蕎麦の素材やつゆに違いはない。
つまり、現在の「もりそば」と「ざるそば」と「せいろそば」の違いは、器の違いと刻み海苔の有無だけになり、中には、ざるそばに専用のつゆが使われている店もあるということである。
また、せいろの器を使っていても、「ざるそば」と呼ぶ店もあるが、これは、竹ざるの器では出前がしにくいため、呼称は「ざるそば」のままで、重ねて運ぶことが出来るせいろを使ったからといわれる。